Hiện nay nhà trường có các bộ môn lâm sàng sau:

- Bộ môn Chẩn đoán hình ảnh

- Bộ môn Da liễu

- Bộ môn Dị ứng - Miễn dịch lâm sàng

- Bộ môn Gây mê hồi sức

- Bộ môn Hồi sức cấp cứu

- Bộ môn Huyết học

- Bộ môn Lao và bệnh phổi

- Bộ môn Ngoại

- Bộ môn Mắt

- Bộ môn Nhi

- Bộ môn Nội tổng hợp

- Bộ môn Phẫu thuật tạo hình

- Bộ môn Phục hồi chức năng

- Bộ môn Phụ Sản

- Bộ môn Tai Mũi Họng

- Bộ môn Tâm thần

- Bộ môn Thần kinh

- Bộ môn Truyền nhiễm

- Bộ môn Ung thư

- Bộ môn Y học gia đình

- Bộ môn Y học hạt nhân

- Bộ môn Tim mạch

- Bộ môn Lão khoa